La gouvernance du Plan Emergence est assurée par deux niveaux d’instances de pilotage : Le comité de pilotage et les comités de suivi pour chaque domaine du Pacte National pour l’Emergence Industrielle. Ces deux niveaux d’instances de pilotage ont des objectifs bien définis.

Le comité de pilotage a pour objectifs :
• De fixer les priorités et de lancer les travaux de chaque chantier
• De résoudre les points d'arbitrage
• De valider et de communiquer sur l'avancement des différents chantiers

Les comités de suivi ont pour objectifs :
• De valider la Feuille de Route et les Plans d’Actions de chaque domaine
• D’identifier les problématiques de chaque projet afin de proposer des solutions opérationnelles
• De suivre l’état d’avancement de la mise en œuvre du contrat programme
• D’informer les différents intervenants concernés de l’avancement des travaux en vue de maintenir une forte mobilisation autour de la mise en œuvre de ce contrat-programme

Un ou plusieurs leaders ont été identifiés pour chaque comité afin de planifier, préparer et animer ces réunions.